近年非居住者や外国法人による日本の不動産の売買が活発に行われています。
そういった中で今回は、日本国内の不動産等を所有する外国法人の株式の売買が行われた場合の課税関係について取り上げてみます。
不動産関連法人の株式を譲渡で移転した際の譲渡益については、日本に恒久的施設を有していない非居住者であっても、申告・納税が必要な国内源泉所得として取り扱われます。
ここにおいて不動産関連法人とは、その株式の譲渡の日から起算して365日前の日から、その譲渡の直前の時までの間のいずれかの時において、その法人が有する資産価額の総額のうち、国内にある不動産の価額等が占める割合が50%以上である法人をいいます。
ここにおける法人が有する資産価額の総額とは、相続税の計算の際に用いる財産評価基本通達による評価額ではなく、特に不動産価額については一般に取引される市場価額（時価）によります。
また、恒久的施設を有していない非居住者とは、主に日本で事業を行うための一定の場所や拠点を持たない非居住者をいいます
つまり、不動産関連法人の株式を譲渡で移転した際の譲渡益については、日本に恒久的施設を有していない非居住者であっても、日本において申告・納税が必要な国内源泉所得として取り扱うということになります。
ただし、不動産関連法人の株式を譲渡で移転した場合においてすべての取引が課税対象となるというわけではなく、上場株式と非上場株式で取り扱いが異なっています。
まず上場株式の場合ですが、特殊関係株主等（不動産関連法人の一の株主やその一の株主の同族関係者等）が譲渡事業年度（年）の直前3年以内のいずれかの時において、その発行済株式の総数の５％超の株式を所有し、その事業年度（年）に１％超を譲渡した場合のその譲渡、次に非上場株式の場合ですが、不動産関連法人の特殊関係株主等が、その発行済株式の総数（不動産関連法人が有する自己の株式等を除く）の２％超の株式を譲渡事業年度（年）の直前3年以内のいずれかの時において所有し、譲渡した場合に課税対象となります。
ここにおける申告とは、譲渡した者が個人であれば確定申告により譲渡所得税を、法人であれば、株式を所有する外国法人の決算期に応じて、その決算日から2月以内に、その株式譲渡による売却益について日本の税務署で法人税の申告・納付をしなければならないということになります。
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